1955年，高等教育部部长杨秀峰到新疆学院视察工作时，指示以新疆学院为基础筹建新疆大学。1959年5月，高等教育部决定由北京大学、清华大学、西北大学等院校支援新疆大学的成立工作。1960年，新疆大学正式成立，学校跨入了新的发展时期。

1978年，学校被国务院确定为全国第一批88所重点高等院校之一，16所综合性重点大学之一。1997年，学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。

2000年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。原新疆工学院的前身是1953年中苏共同创办的中苏有色金属公司矿山技术学校，1954年，苏联将学校股份移交我国，学校改为自办，更名为乌鲁木齐矿业学校。1958年建成新疆矿冶学院，隶属冶金工业部，1966年更名为新疆工学院。

2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2012年，学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。

2017年，进入全国首批42所一流大学建设高校行列。2018年，确定为教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校。

​新疆大学现有25个学院，1个研究生院，2个教学研究部，36个党政机关及教辅单位。