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昆明医科大学体育部前身于1956年学校独立建院时成立，2001年以前隶属于基础部下属的一个教研室，2001年8月从基础部独立出来单独成立为体育部。
体育部自成立以来，不断发展壮大，截止到2015年12月在编职工人数为27人，其中教师22人，教辅5人，职称结构为：教授1人，副教授8人，讲师9人，助教4人，好级实验师1人，实验师3人，助理实验师1人。研究生学历（包括在读研究生）12人，占部门总人数的44.40%，师资结构较为合理，能很好地完成教学、科研、训练等各项工作。
体育部主要承担整个学校的体育教学、运动竞赛、校体育代表队训练、群众体育工作及《大学生体质健康标准》的测试工作，是校贯彻实施民健身计划纲要的核心组织部门。体育部在努力完成各项工作的同时，积极从事体育的科研活动，利用学校的职业优势，从运动生理学、运动生物力学、运动生物化学、人体形态学等诸多方面进行研究和探讨，科研水平取得了长足的进步，为教学水平的增加，奠定了坚实的理论基础。
运动训练和竞赛是体育教学的延伸和好级形式，体育部在搞好教学工作的同时，广泛开展学校业余训练和校内外的各种竞赛活动，让在体育方面有特长的学生能充分展示自己的才能。并走出校门，进行广泛的社会实践和交流，参加国、省、市、乃至国际性的竞赛活动，以此来推动我校运动技术水平的增加。近年来我校的各项目运动代表队在参加国、省、市级以上的各种比赛都取得了优异成绩，为省各医药卫生部门输送了大量的、智、体面发展的优秀人才。
学校现有标准田径场2块（含足球场）、室外篮球场23块、室外排球场7块、室外网球场14块、五人制足球场4块，健身房1个，健康测试实验室1个，舞蹈房1个，乒乓球室1个，室内篮球场4块，室内网球场4块 ，总面积达6.1万平方米 。
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