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  昆明医科大学前身为昆明医科大学康复治疗学职业。于2005年成立，培养4年制理学学士，与香港理工大学合作按照国际惯例将康复治疗学职业分设为物理治疗及作业治疗两个独立的职业方向，分别培养物理治疗师和作业治疗师。2014年，我校另一个与康复医学好度相关的听力与言语康复学职业，获得教育部批准后正式招生。目前，康复治疗学职业及听力与言语康复学职业现有在校生人数399人，累计毕业生总人数9个年级共609名。其中物理治疗毕业生379名，作业治疗毕业生230名。自2009年本职业第一批毕业生毕业以来，每届学生都出现了供不应求的现象。毕业生的就业率都为100%。学生就业于云南、北京、上海、广州、四川、重庆、贵州等地，得到各就业机构的好评。在连续三届国康复治疗学职业学生技能大赛中荣获2项一等奖、2项二等奖、2项三等奖，并在首届国康复医学创新创业大赛中获第四名的好成绩。10年来康复治疗学职业为我省乃至国培养了一批紧缺型职业人才，有10余名学子获得了海外留学直通车的机会。
  秉承国际化办学的理念，2010年作业治疗方向世界作业治疗师联盟（WFOT）国际教育标准的认证，2011年物理治疗方向世界物理治疗师联盟（WCPT）国际教育标准的认证。2017年、2018年物理治疗和作业治疗的职业办学再次WFOT、WCPT的完认证。2018年获教育部备案批准新增三个职业：康复物理治疗、康复作业治疗、假肢矫形工程学职业。原康复治疗学职业正式更名为康复物理治疗、康复作业治疗并调整到云南省第一批次招生。
  2005年，昆明医科大学康复医学与理疗学硕士点学科以100%的率获国务院学位办批准设立，2007年开始招收医学学位硕士研究生，2015年成为博士点学科开始招收博士研究生。至2018年止，康复医学与理疗学硕博点学科在校生30余人，已毕业硕士研究生40余人。2018年，医学技术类一级学科硕士点获批设立，2019年将以康复相关的二级学科（如物理治疗、作业治疗、听力康复、言语语言病理等）招收理学硕士研究生。学院的硕士研究生培养规模将进一步扩大。
  2016年9月，经学校党政领导研究认为康复治疗学职业已有很好的工作基础，为主动融入国家"健康中国2030"及云南省政府大力发展生物医药和大健康产业等八大产业的发展战略，贯彻落实国家“创新创业”教育发展方针，决定成立康复医学院。2016年11月24日昆明医科大学正式挂牌成立。成立后的学院设置党政办公室、教学管理办公室、学生工作办公室和学科、科研及研究生管理等办公室四个科级管理机构；设置康复科学系、物理治疗系、作业治疗系、语言病理学系、听力学系等五个学系，聘请海外系主任4名，荣誉教授2名，客座教授7名。2017年底学院搬迁至东校区拥有1万3千平方米的新楼，建立了一批具集教学、人才培养、科研及社会服务的较好质量和水平的实验室。包括物理治疗实验室、儿童物理治疗实验观察室、运动控制实验室、肺康复实验室、心脏康复与体适能实验室、儿童作业治疗实验室、文娱治疗实验室/精神心理实验室、日常生活模拟实验室、辅具及压力衣设计与制作实验室、嗓音分析实验室、电测听与听觉诱发实验室、语言病理学实验室、神经电生理实验室、步态分析实验室、图书资料室、模拟物理治疗/心理作业治疗门诊、康复辅具中心等。 
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