研究院现已形成了青藏高原畜牧业、青藏高原生态与环境、青藏高原牧草培育及草产品加工、青藏高原民族医药等相对稳定的研究方向。拥有“牦牛种质资源评价”（农业部岗位科学家创新团队）、“青藏高原牧草育种”（农业部岗位科学家创新团队）、“牦牛藏羊遗传资源保护与利用”（国家民委创新团队）、“青藏高原高寒草地生态保护创新”（国家民委创新团队）、青藏高原特有草种质资源创新及草地生态恢复（四川省教育厅创新团队）和青藏高原藏羌彝医药传承保护与创新（校级）团队等多个创新团队。建有“青藏高原生态保护与畜牧业高科技研究示范基地”（红原基地总部和五个科技园区），“青藏高原动物遗传资源保护与利用”四川省重点实验室、“青藏高原草食家畜工程技术”四川省工程中心、“抗逆牧草种质创新及生态修复”和“羌彝药用资源保护与利用技术”四川省工程实验室等4个省级重点实验室和工程中心，四川省和国家民委“青藏高原生态畜牧业协同创新中心”，四川省“南志标院士工作站”和“若尔盖高寒草甸生态站”国家民委野外台站等多个研究平台，具有先进的大中型仪器设备300余台，价值约1.2亿元。

研究院的科研人员都把“论文写在草地上，成果留在牧民家”，近五年来，取得了显著成绩。主持包括国家重点研发计划项目、课题、国家自然基金等一批与青藏高原的生态、生产、生活相关的各类科研项目240项；在国内外重要学术刊物上发表论文800余篇，其中SCI收录论文125篇；获国家科技进步二等奖1项，省级科技进步一等奖4项、二等奖3项、三等奖7项，省级教学成果三等奖2项；鉴定科研成果31项，获得专利36项，培育家畜新品种1个、国家牦牛遗传资源2个、牧草新品种4个；制定省级以上的标准26个，出版著作17部。集成创新高原畜牧业发展关键技术20套（个），在青藏高原地区创新集成并推广应用了“川西北现代草原畜牧业全产业链发展模式”、“农牧区耦合牦牛全年均衡出栏4218模式”等多个发展模式，使示范区的草地退化、沙化得到显著修复，牧草产量提高了20%以上，牦牛、藏羊的生产性能提高15%以上，畜牧业经济效益提高30%以上，牧民人均增收1万余元以上，产生了显著的经济和社会效益。

研究院一直以来根据“国家急需、创新引领、服务高原、造福青藏”的办院宗旨，加强创新团队、青藏基地、重点实验室、2011协同创新中心等建设，汇聚学科队伍，提升科研水平，彰显优势特色，为把青藏高原研究院建设成为研究青藏高原生态、生产、生活和其他社会问题的国内一流、国际上有重要影响力的科研院所和人才培养单位，为把我校建设成党和人民满意的有特色、高水平大学做出贡献